江苏境内分属长江、淮河流域，细分为长江、太湖、淮河、沂沭泗四大水系。长江水系在境内面积1.91万平方千米，分为石臼湖、固城湖、秦淮河、滁河和苏北沿江等区域性水系。太湖水系在境内面积1.94万平方千米，以太湖为中心，湖西南河水系、洮滆水系等主要向东注入太湖，武澄锡虞、阳澄淀泖、浦南等区域性水系主要经内部河网和望虞河北排入江、经太浦河东排黄浦江入海，江南运河穿越腹地。淮河水系在境内面积3.86万平方千米，可分为洪泽湖周边及以上、白马湖高宝湖、渠北、里下河等区域性水系；南以仪六丘陵经江都、328国道至如泰运河一线与长江流域分界，北以废黄河与沂沭泗水系分界。沂沭泗水系在境内面积2.54万平方千米，分为沂河（新沂河）、沭河（新沭河）、中运河等干河水系以及南四湖湖西、骆马湖以上中运河两岸、沂北（含沭北）、沂南、废黄河等区域性水系。

目前，江苏已构建形成“九路入海、八河通江、三纵调度、五湖调蓄”的水网主骨架和大动脉。九路入海指新沭河、新沂河（含灌河）、废黄河、淮河入海水道（含苏北灌溉总渠）以及射阳港、黄沙港、新洋港、斗龙港、川东港九路重要入海通道；八河通江指淮河入江水道、滁河、水阳江以及太湖新孟河、新沟河、望虞河、吴淞江、太浦河八条骨干通江河道，大部分引排两用；三纵调度指京杭大运河、通榆河、徐洪河三条南北向的关键调度河道；五湖调蓄指太湖流域的太湖，淮河流域的洪泽湖、高邮湖邵伯湖（两湖连在一起）、骆马湖、微山湖五座重要蓄泄湖泊。